在預理處階段去除原水中的大部分污染物。良好的預處理效果，能夠有效減少反滲透系統受到各類污染的機率。(例如定期更換保安過濾器濾芯和檢查保安過濾器，防止過濾器內出現短流現象和滋生生物粘泥而對膜元件造成污染;嚴格控制進水濁度和污染指標(SDI)，控制進水濁度小于0.5NTU，污染指數小于5；對膜前流程及膜系統進行消毒殺菌，消毒殺菌對控制微生物污染是必不可少的關鍵步驟。對系統的殺菌分為沖擊式殺菌和連續性殺菌，可根據系統不同而選用不同的方法)

      壓力是反滲透脫鹽的推動力，壓力升高，膜組件透水量線性上升，脫鹽率開始時升高，當壓力升至一定值時，脫鹽率趨于平穩。因而在實際運行中，壓力無需太高，壓力過高會使膜的衰減加劇，而且有可能損壞膜組件。為延長膜組件的使用壽命，通常在脫鹽率和產水量滿足生產要求時，采用稍低一些的壓力運行，對系統的長周期運行有著的好處。

　　當反滲透系統采用較高的回收率時，濃水含鹽量相應提高，不但容易在濃水側產生濃差極化，而且會導致系統滲透壓的增大，為維持產水量，操作壓力必須提高，產水的比能耗也會增加，產水水質變差，膜污染加重，結垢和微生物污染的危險性變大。根據運行經驗，反滲透系統的回收率控制在75%以下比較合適。

    沖洗是采用低壓大流量的進水沖洗膜元件，沖洗掉附著在膜表面的污染物和堆積物，膜的低壓沖洗可以減少深度差，防止膜脫水現象的發生。在條件允許的情況下，建議經常對系統進行沖洗。增加沖洗次數比進行一次化學清洗更有效果。